落叶惊扰一池春水。几天之间，变种人这个群体的面世就传了开来，给本来就有如平静的暴风雨前夕的局势添上了一分不确定性。这是推力，也是隐忧。尤其是那让某些人胆战心惊的“读心术”、“预知未来”等能力。当然还是有相当一部分人不相信这些天赋的存在，但有些人还是出于保险起见，或停止或提前手上的项目。更有人打算将变种人群体收服或者消灭，得亏了先人们几年前就有先见之明，早早设下了空间屏障，不然变种人群体或许刚面世就要消失了。
毫无疑问，那些消息是从神盾局传出来的。同样毫无疑问，科尔森和他的小队背了黑锅。
不过他们暂时是没有精力去澄清了，因为他们有更大，更多，更迫切的麻烦。
一个“通晓世上所有正在进行的事”的千里眼就够科尔森他们吃一壶了。当初费利安给科尔森报告的时候，科尔森就做好了跟对方打交道的准备。然而对方还不曾露面呢，只是报了一个名字而已，就有瑞纳和她的蜈蚣组织同事来充当排头兵了。在那一次冲突中，外援迈克·彼特逊疑似被炸死，后来发现是被对方的人控制了，手法就像曾经阿玛多尔遭受的一样，植入带死亡开关的机械眼。另外，小队成员们也受到了小伤或者惊吓，最关键的还是科尔森本人被抓走了。
瑞纳的那些人弄出那么大的动静，就是为了抓住科尔森，就是因为千里眼想要知道科尔森在纽约大战前夕被洛基用权杖捅穿心脏死去，而后又复活过来的真相。这个真相连科尔森本人都不知道，而且多次向上询问也得不到回应。结果千里眼早有准备——他让瑞纳劝服科尔森躺进一台仪器里，借此复原科尔森那潜意识里被外力掩盖的秘密——其实也就是跟费利安在利莫里亚之星上同样的遭遇了。由于进入那台仪器的时间较短，也不是跟费利安一样有一伙白大褂“伺候”着，因此科尔森并没有像费利安那样恢复全部记忆。不过只是一点点，就已经足够让他震惊了——复活手术的时候，他竟然在求死？！
之后小队的其他成员赶到，瑞纳被抓，科尔森也被救了出来。其中最大功劳的是斯凯，是她通过追踪瑞纳的资金链发现了后者的动向，从而找了过来。这让科尔森十分感动，还解除了她因为之前给“前男友”通风报信而被拷上的电子监控手环。只是科尔森脱困，小队成员们的高兴没能持续多久。因为斯凯带来的不止是救出科尔森的关键，还有一个消息——费利安失踪了！
经过初步调查，基本排除了变种人下黑手的可能。没想到这时候，之前对付过的伊恩·奎恩又跳了出来。事情最开始是神盾学院那边出了点意外，需要作为优秀毕业生以及偶像学生的菲兹-西蒙斯回去安抚一下花骨朵们的情绪。在这里小队兵分三路，菲兹-西蒙斯与斯凯去学院那边，梅和科尔森另有要事，而沃德则自动请缨去追查费利安的线索。
结果神盾学院那边事态升级，两个学生做出的带有急速冰冻功效的样品由于未经测试就投入使用，结果引发了一场超强风暴，差点就把整个学院都拆了。最后两人中的一个直接死亡；另一个身体也发生了些许变故，却也逃不过神盾局的监禁和控制。本来他们都是神盾局优秀的种子，现在却落得这样的下场，罪魁祸首竟然是伊恩·奎恩，是他教唆那两人犯下那样的错误。另外一边，沃德也带着消息回来了。他的线人发现伊恩·奎恩最近要跟一伙人做交易，货物很可能就是失踪了的费利安。于是新仇旧恨加起来，伊恩·奎恩成为了科尔森小队的首要目标。
至于科尔森和梅那边的“另有要事”也得出了结果。只是这个结果与科尔森以及梅的猜测大相径庭——曾经他们开玩笑说过费利安是一个084，未知来源物体。结果现在费利安的来源知道了——一个变种人，却轮到斯凯成了084。如果斯凯也是变种人倒好，可是整个村子都死亡，神盾局也牺牲了好些特工，就因为要保护斯凯？这大概比变种人严重多了。
当斯凯被科尔森单独告知了整件事之后，她哭了一场。不过她的表现比科尔森想象的要坚强许多。她先是表示自己很感动，因为她知道了自己不是没人要的孩子，而是一直有神盾局在保护自己。然后她也很理智地提出她那追寻身世的事可以先押后，目前最主要的行动还是找回费利安。对此，两个知情人里，科尔森是欣慰，梅则是惊讶和欣悦。
于是，大伙众志成城地去找伊恩·奎恩的麻烦，最后线索锁定在一点上——意大利的一栋别墅，奎恩会在这里完成沃德打听回来的那桩交易。与上次在马耳他不同，意大利可是神盾局的盟国，科尔森他们可是避不及待地准备用各种“必要”的手段来对付奎恩了。
只是他们又一次没想到，这又是千里眼的一个局。原来这个无影无踪又似乎无处不在的千里眼早就收服了伊恩·奎恩，这一次就是撮合后者以及意大利方面的一位官员，联手给科尔森他们设下陷阱。不过这一次他们的目标不是科尔森了，而是斯凯。依然是枪口顶着身体后打出的两颗子弹，斯凯倒在血泊中。
好吧，这是原来的时间线里的故事。而这里的现实是，就在伊恩·奎恩马上要开枪的时候，一股诡异的强风破窗而入，推着斯凯撞到伊恩·奎恩。而斯凯就像上次在马耳他时一样，再一次从奎恩的手上躲过