支农再贷款作为一项支持农村信用社提高农业贷款投放能力、服务“三农”的货币政策工具，在发展农村经济中的作用已充分显示出来。2005年末，临潭县信用联社借人支农再贷款余额3400万元，占农村信用社各项贷款余额的32.56，较好地发挥了农村信用社支农的“主力军”和助推农民增收的作用，有力地促进了当地农业产业结构的调整，增强了农村信用社支农资金实力，营造了多赢的格局。但是，支农再贷款在实际运用和管理中，我们发现了一些不容忽视的问题，影响了这项货币政策工具的政策效应口。
一是受支农再贷款的对象局限，使用范围狭窄二支农再贷款管理办法规定，支持对象限制为农户，用途多为农业春播、种子、化肥、农药及传统农业种植、畜牧养殖及大棚蔬菜种植等，发放对象为农民自然人。随着农村经济的发展和农业产业结构调整的深化，传统农业空间将越来越小，农村新兴产业及乡办、村办甚至户办民营企业等应运而生。如果支农再贷款的用途仍局限于农户贷款，就会出现一方面支农再贷款用不出去；另一方面农村产业结构调整又得不到急需的资金的矛盾，这样不仅影响了信用社的自身利益，而且也会阻碍农村产业结构调整和农村经济的发展。
二是贷款额度小，对单户农户贷款数额过低，不适应农村经济发展的需要。目前，农村种植、养殖户多为规模生产，多种经营，同时承包土地、务工从商、购买中小型农机具及农用车者不断增加，所需资金量较大，而基层农信社对一般农户贷款额度为3000～5000元，只有少数农副产品加工企业和种植养殖大户可获得3～5万元贷款，这对从事农副产品深加工的农户，无疑是杯水车薪，无济予事，更难满足市场型、效益型、规模型和搞多种经营的农户的资金需求。
三是支农再贷款执行利率过高，没有体现出再贷款利率优惠政策。据调查了解，基层信用社支农再贷款的实际执行利率，绝大多数是在法定利率基础上执行最高浮动利率。由于县域资金缺失，农民贷款饥不择食，不考虑利率的高低，为了及时得到贷款，对利率水平的高低只能被动接受，因此，在不同档次的利率区间分布中呈现出利率结构单一且执行最高利率的特点。没有按所支持的产业、农户信用程度等实行差别利率和优惠政策。农村种养业生产周期长，风险大，难以管理，收益较低，支农再贷款利率过高，不仅影响了国家货币政策在农村的传导效果，而且加重了农业生产成本，影响了农户贷款的积极性，进而影响了农户的农业生产能力。
四是再贷款期限短与农业生产周期长产生矛盾。支农再贷款期限一般为6个月、9个月，最长为一年。用于一年一季的庄稼种植尚可，用于生产周期在一年以上的中药材种植、经济作物培育、牲畜养殖等生产周期都在一年以上，甚至三至五年时间，需要注入长期资金支持。但由于受再贷款发放期限的限制，不能得到长期有效的信贷资金支持，在一定程度上阻碍了发展。
五是弱势农户借款难问题未得到有效解决。一些弱势农户经济基础比较薄弱，家庭收入少，抵御风险和偿债能力差‘有贷款需求，不符合信用社贷款条件。信用社出于防范风险和，自身效益考虑，在支农投入上是“雪中送炭”不足，“锦上添花”有余，不愿发放无还款保障的贷款，因此，这部分人往往被拒之门外，难以得到贷款支持，不能借助贷款发展生产、实现脱贫致富，支农再贷款的效能难以得到充分发挥。
六是支农再贷款“统借统还一沉淀不良贷款，增加基层农信社贷款的风险。“统借统还”贷款到期后，信用联社直接从基层农信社划账，加大了基层农信社信贷风险压力，影响再贷款支农效应。