不过在目前阶段，吕宋的各级行政机构不可能一下子就会部建立起来，还要逐步完善，因此，高鸿信也不打算向吕宋省派遣官员，现在全部官员都从当地的华人中间选出，实行当地人自治。而吕宋行省的第一任行政总督，由福建巡抚周天爵担任。
接着高鸿信又正式任命龙九顷为中国军队驻吕宋军区司令员，军街为提升为中将。
建立吕宋舰队，而吕宋舰队则归属于南海舰队。
在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，同时从那还舰队划分部分船只给吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十四艘，按海军的战船划分，拥有sān_jí巡洋舰二艘，四级驱逐舰五艘，五级护卫舰七艘，辅助战船十艘。
不过舰队的人员缺额超过了一半，只能从南海舰队补充，还有从吕宋本地补充培养了。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都己经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治己经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人己经彻底被中国军队打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中国军队的天下，而在这种强大的武力面前,还有谁敢和中国军队作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，也都纷纷来到马尼拉城，向中国军队表示臣服。
等众人差不多聚齐之后，龙九顷首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死刑达到一千五百六人，包括总督查孔在內的所有西班牙士兵，还有三名传教士，以及阿诺基三世为代表的一批土著。当场执行枪决。
参加审判大会的土著酋长头人们也都吓得心惊肉跳。而其他在马尼拉城里居住的西班牙人、待从，以及归附西班牙殖民者的土著，则都处以五到十年的苦役。
随后龙九顷才招集众土著酋长头人们，先严厉的将他们训诉一顿,指责他们附庸西班牙殖民者,欺压华人的行为。
这一点到并不冤枉这些土著，虽然他们并没有像邦班牙部那样，直接充当西班牙殖民者的帮凶，但占华人一点小便易的事情，多少也都做过一些。只是有了大坏人，也就显不出小坏。
但现在世道变了，大坏人己经被打倒，不少酋长都在想，是不是该清算小坏人了，有不少人都吓得哆嗦起来。
不过龙九顷把话锋一转，表示皇帝陛下宽宏大量，对他们过去的行为都不予追究，但要求他们以后绝对服从中国军队的命令，否则邦班牙部的下场就是最好的例子。
众酋长头人们听了，也都松了一口气，立刻纷纷表示，一定服从中国军队的命令。
而龙九顷也立刻趁热打铁，要救各部落都要抽调一部份青年土著，年龄在十六岁以上，二十五岁以下，男女各半，脱离本部落，做为吕宋总督府的直属土著。
因为现在马尼拉的华人只有两万五六千余众，想要进一步开发吕宋，需要大需劳动力，这点人力当然不够，而在短时间内，对吕宋进行大规模移民也是不现实的，因此只能从当地土著中挖掘潜力。
尽管各酋长头人们心里都不愿意，因为十六岁以上，二十五岁以下的男女也都是各部落的主要劳动力，谁都舍不得。
但血淋淋的事实就摆在眼前，谁还敢说个不字，因此也只好同意了。
结果总督府一下就得到了三万多名年轻的男女，致少在近三五年之内，劳动力还是够用了。
而最后龙九顷又宣布，将邦班牙部遗留下来的全部人口都分配给各部落。
邦班牙部的青壮年几乎全部战死，现在还有两万余人，基本都是老弱妇幼，其中少年儿童约有一万三四千人。
如何处理这一批人，也让龙九顷有点为难。全部杀了有些太过份，龙九顷并不喜欢搞种族大屠杀，但留着也是一个隐患，毕竟这个仇口不小，这批孩子长大了，肯定不会对华人有善意，还会种下动乱的祸根，因此龙九顷决定把这批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海岛部落中去，使他们完全分散，而且到了其他部落，这批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大浪来。
而其他各部虽然都被抽调出一部份的青年劳力，但也得到了一定的邦班牙部人口，虽然都是老弱妇幼，也算是有所补偿，特别这这批少年儿童，几年之后也都能成长为新的劳动力，因此心里也都觉得好过一些，同时也觉得中国军队还是比西班牙人强一些，西班牙人才不管那个，一定会把他们全都杀了。
在随后一段时间里，马尼拉也迎来了大批的国內商人，都是赶来参与西班牙殖民者遗留在马尼拉的资产竞拍事务的。
因为这些商人久在马尼拉经商，当然知道这些工厂、农场的价值所有，而商毅又一直鼓励商人进行建厂置业，由物流型商人转化为产业型商人。
当然也有一部份商人的醉翁之意不在酒，而是希望在马尼拉拥有一份产业，以后就更方便在马尼拉做生意了，因此在国内接到了消息之后，商人们发现这里面商机，自然也又对马尼拉趋之若鹜起来。
商人们当然都不会空手来到马尼拉，虽说马尼拉离中国不算远，但来一趟也并不容易，自然也要带足货物，而有了中国商人和货物，自然也有欧