京都。二条皇城。
长州藩藩兵在全占京都城之后，便立即召集一干人员，在二条皇城中拥立他们解救出来的皇太子睦仁亲王登基。次日便举办了践祚典礼，正式继承天皇大统。
登基的当天，新任的七岁的天皇，在原孝明天皇的侍卫官岩仓具视的陪同下，对朝堂下的京都官员颁发了《新皇敕谕》：废除摄政、关白、幕府；设总裁、议定和参与三职；进而发布《王政复古大号令》作为施政方针，并把一切恢复到神武创业之初作为新政的理想。
通过《王政复古大号令》，由新天皇正式谕令：废除幕府，并命令征夷大将军德川家茂辞官、纳地，交出所有的封地和兵权，自行赶赴京都二条城来朝贺新天皇。
并且，新天皇昭告全国，学习西方组建新式政府，命炽仁亲王为太政大臣兼总裁，长州藩藩主毛利敬亲、四国藩藩主山内丰信均为副总裁，宫廷侍卫官岩仓具视为议定，桂小五郎为总裁局顾问兼参与官，高杉晋作为总裁局顾问兼副参与官，构成朝政主要官员。而明眼人一眼能看出，岩仓具视、桂小五郎和高杉晋作这仨人组成为了朝廷的核心。
远在江户的幕府将军德川家茂才14岁，当时便吓得惊慌失措，好在有将军府的主要掌权者大老井伊直弼的策划，幕府迅速调集四周的军队，派出京都附近的会津、桑名两藩藩兵一共14000余人，再加上幕府大老井伊直弼的家臣小粟忠顺率领的23000幕府亲兵，合计37000幕府军，由幕府家臣小粟忠顺作为主将，在大阪会合后，沿淀川北上，兵分两路向京都进发。
一路以幕府亲兵为先锋向京都西南方的鸟羽推进，另一路以会津藩兵、桑名藩兵为先锋向京都东南方的伏见进军。
得知幕府军队出征，新政府的倒幕军队立即召集4万军队，也分为两路上前迎击。由桂小五郎和高杉晋作率领15000名长州藩兵防守鸟羽，而由山内丰信率领16000名四国和其他倒幕藩兵防守伏见，剩下的6000名反幕联军作为预备队守卫设在二条城和东寺两处，由毛利敬亲和岩仓具视两人分别指挥。
到黄昏时分，战事首先在鸟羽打响。
不得不说，长州藩兵使用的虽然是旧式火绳枪为主、夹杂从荷兰商人那买来的部分燧发滑膛枪，还有不少以前从荷兰人那里采购的大炮。关键是训练有素，他们早在十余年前便围绕开港问题的中央政局和海防需要出发，采取富国强兵和重商主义的政策，财力和军事都颇为强大。与此对比的是自以为装备精良的幕府亲兵，还是制式的武士刀和弓箭、长矛等冷兵器为主，夹杂一些土铳和部分从中华帝国那边买来的鸟枪之类的火器，当然，这还是有财力的幕府亲兵了。像会津藩兵和桑名藩兵，甚至连鸟枪等火器都没有，只有一些武士刀等冷兵器，甚至一些藩兵连竹刺、木棒之类的也一路席卷过来了。而且，因为来得匆忙，只带了几十门小型火炮，武器明显相差较大。
于是胜负可以想象了。
幕府亲兵数千人的先锋队，在新选组的带领下，率先冲向鸟羽的一个由桂小五郎领着的长州藩兵镇守的半月形阵地。桂小五郎一声令下，长州藩兵早就架设的数十发大炮猛地开火，第一轮炮弹就击中幕军纵列顶部的一个武士队，这是幕府亲兵的指挥官的亲兵队，随即又是雨点般的火枪枪击，幕府亲军顿时大乱。
等小粟忠顺好不容易稳住败势，组织幕府亲兵还击，他亲自率领上千亲军队，手持武士刀向幕府军守卫的半月形阵地进行了白刃冲锋，但这些幕府武士虽然精于刀剑，又怎是火器的对手，只冲锋两个回合，便折算数百人，剩余地一下便被枪弹击退。而这时，天色暗了下来，高杉晋作亲自率领“奇兵队”犹如狮群下山，也是手持武士刀冲向幕府亲兵大营进行了白刃战，久经操练的“奇兵队”队员本就是身强力壮的长州藩武士，势不可挡，幕府军无法抵御“奇兵队”的夜袭，而后，其余的长州藩兵一拥而上，将幕府亲兵击溃，幕府亲兵在小粟忠顺的带领下，连夜逃往淀城。
而另一条战线，鸟羽以东不远的伏见，这座京都南边十余里的小镇的东南边一处叫奉行所的堡垒处，幕府一方的会津藩兵和桑名藩兵，也在桑名藩主的率领下，向驻守在这里的四国藩兵和其他倒幕藩兵发起了进攻。四国藩与其他倒幕藩兵也都是刀剑甲胄和弓箭等冷兵器为主，于是乎，双方进行了殊死战斗，死伤惨重。
幕府的会津藩和桑名藩联军多次冲击奉行所，并花费巨大的代价一度占领奉行所和堡垒所在的桃山，但均被四国藩及其他倒幕藩兵击退。双方在桃山山坡上进行了惨烈的白刃战，夜幕中数千人死伤，双方一直战斗到深夜，还胜负难分。
正在这时，伏见那边战事的消息传来，说是幕府亲兵和先锋主将小粟忠顺都被击败，退守淀城，顿时，得知消息的幕府联军一下便丧失了战意，顾不得抵抗，兵败如山倒，连忙也跟着退往淀城。
次日，新政府太政大臣兼总裁毛利敬亲命令议定栖川宫炽仁亲王为征讨大将军，率领二条城内的预备队三千人，征讨幕府军队。中午时分，炽仁亲王手捧天皇御赐的锦旗和节刀来到东寺的讨幕军大营，讨幕军士气为之大振，三路讨幕军合兵一处，乘胜展开追击。
而幕府的两路败军逃到淀城外，却发现，原本是幕府嫡系的淀城守将，