?人曰:“五脏本皆属阴”，又言“五脏之本，本在命门”，就像“地球之本，本在太阳”一样。
命火是一身阳气的根本，而五脏本皆属阴又本于命门，所以命门与五脏应是对立统一的阴阳关系。人们设命门为天，五脏为地。
命门为“元气之所系”，又藏有元精。元气为元精所化生，二者是功能与物质的关系。任何一个事物都有其结构（体）与功能（用）两方面，体阴用阳，结构为阴，功能为阳，体在内，用在外，这两者是一个有机的整体，相辅相成。
命门也不例外。
阴阳是相对而言的，元气为功能属于阳，元精是物质属于阴，二者同属于命门（天）是一个有机的整体。但元气用在外需发布远行，元精体在内需固守舍藏，体阴在内，用阳在外，抽象而言，可以认为这是“阳中有阴”的结构模式。
这与太阳一样，它的外面是光芒万丈的阳气（元气），内里是产生热核反应的物质（元精），太阳没有内里的热核反应（热核反应相当于元精“化生”元气的过程）就不会产生能够温煦到大地的天之阳气（元阳之气），命门没有元精的生化作用（元精“化生”元气的过程就相当于太阳内部的热核反应）就不会产生能够温煦到五脏六腑的元阳之气，二者的道理是一样的。
元气又称之为元阳之气，亦称之为命火，是人体一身阳气之根本，这与太阳火是天之阳气的根本同出一辙。所以命门是人体内的天，符合太极阴阳图“阳中有阴”的结构特征。
金木水火土“五脏本皆属阴”，是组成人体内地的内容，而肾水是五脏之阴的根本。
木火土金水五形之火是地火，所以心火是阴中之火，为阴中之阳。抽象而言，可以认为这是“阴中有阳”的结构模式。
实际上，心火主血脉的功能是推动五脏血液循环的根本动力，如果没有心火主血脉的功能，脏腑就难以产生五脏六腑之精气（阴气），尤其是心火衰竭就会出现肾水不化的临床病症，这是阴中无阳则其寒必极之证。
与地球一样，虽然地球是由木火土金水五种物质组成，但“万物禀形非水不育”，所以水是地阴之根本。
地火是阴中之火，为阴中有阳的结构模式，如果没有地火氤氲这个内部因素，就不会有泉源之温，地水也就会寒凝不化，这与心火衰竭首先表现的是肾水不化的病症相一致，所以可以认为心火是阴中有阳的结构格局，这也是“人道本乎天道”之证。
五脏是人体内的地（阴），所以“五脏本皆属阴”，五脏是一个有机的整体。心火是阴中之火，为地火，是阴中之阳，所以人体内的地（五脏）符合太极阴阳图“阴中有阳”的结构特征。
五脏是形本属阴，所以五脏阴中有阳也可认为是五脏其形质在外，而功能于内，如心主血脉、肾主水、脾主运化、肺主气、肝主津液等，这些水、血液、食糜、气、津液等物质的代谢过程均在脏器内部完成，是“阴中含阳”的格局；命门则不同，其形质（元精）在内，而功能（元气）行于外，其元气元神均至幽至微，杳然不可见，是“阳中含阴”的格局。
太极阴阳图的另一个特征是阴阳相互为用的升降运动，那么命门与五脏也应存在着阴阳相互为用的升降机理。
“五脏本皆属阴”，肾水是阴中之阴，阴中之阴为太阴，所以肾应为太阴之脏。太阴为至盛之阴，所以肾亦称为“至阴之脏”，而位于人体的下极。
命火是阳中之阳，阳中之阳为太阳，所以命门应为太阳之脏。而太阳为“至盛之阳”，所以命门应为至阳之脏，位于人体的上极才是。
命门为至阳之脏而居上，肾为至阴之脏而居下，二者位于人体的两极，成上下对立升降之势以阴阳相互为用，合乎天道。
命火之阳气与肾水之阴气是如何上下升降相互为用？首先得明确命门的部位，实际上《内经》的“命门者，目也”就是指命门的部位所在，即“睛明所夹之处，是为脑心，乃至命之处，故曰命门”。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分，两睛明目系所夹之处正是脑髓的中心，脑髓的中心是间脑，所以人们所指的脑心就是间脑。
人类胚胎早期，脑心的侧壁外突，形成视目系，即《内经》的目睛命门与脑心在发生学上就有着渊源关系。目是脑心的门户，脑心是《内经》的命门所藏纳的先天之精，是生命之根本。
命门通过目系与脑心相联通，二者是生命之门与生命之室的关系，门与室是一体的，目系只是通道。生命之门就是储藏生命物质的地方，生命之室（泥丸宫）就是脑心元精元神所舍藏之处。
脑心就是位于脑髓中央形似泥丸的间脑，间脑主宰着五脏六腑的生理活动，体现着元神的作用，是人体最重要、最核心的生命中枢，去掉大脑皮层生命尚可存在（植物状态），去掉脑心生命不复存在。
脑心是人体最至关重要的生命物质，它就是目睛命门所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命门因藏有脑心这个先天之精而具有非常重要的地位，所以《内经》指出目就是命门，是藏有脑心这个非常重要物质的生命之门。
脑髓有间脑与大脑先后天之区分。大脑有思有虑主宰着躯体视听言行之心理活动，属于后天识神；间脑形似泥丸位于整个脑髓的中心，称之为脑心，脑心无思无虑