乾隆三十八年（1773年）正月，当阿桂攻打当噶尔拉山时，福康安持印而至，于是阿桂留福康安佐其领兵作战。次年二月，清军攻喇穆喇穆，福康安则督兵攻克其西各碉堡，又与领队海兰察合军，乘胜攻下罗博瓦山，并北攻得斯东寨。一天夜晚，土司之兵乘雪雾迷蒙，夜色笼罩，偷偷登山，袭击副将军常禄保驻扎营地，福康安听到告急枪声，立即督兵赴援，击退了土司的进攻，受到乾隆帝嘉许。五月，驻扎在山麓上的土司又借着雨天的掩护，筑起两座碉堡，福康安率八百士卒，夜间冒雨攻打碉堡，入碉中袭杀数人后毁其碉。乾隆嘉许他“壮军威、破贼胆”的行为，特旨褒奖。
乾隆四十年（1775年）四月，乾隆帝鉴于福康安为西路得力之人，赴宜作战尤为出力，授为内大臣。五月，福康安克荣噶尔博山，进至第七峰，又赏嘉勇巴图鲁号，以后即以“嘉勇”二字为封爵佳号，重叠使用。福康安逐一克服多种碉垒营寨，到八月中秋夜，清军分兵自西北攻入勒乌围（今四川金川县内）土司营寨，索诺木逃走。到乾隆四十一年（1776年）正月，俘获索诺木及其家人．大小金川遂平，清朝在此建懋功厅。
平定大小金川之后，清廷lùn_gōng行赏，封福康安为三等嘉勇男。福康安原袭之云骑尉，由其兄福隆安次子丰绅果尔敏袭。西征军返京之日，乾隆亲往京城南郊行郊劳礼，赐给福康安御用鞍辔马一匹，御紫光阁饮晏，赐给缎十二端，白银五百两，并于紫光阁绘像，列前五十名功臣中。于是由户部右侍郎转为左侍郎。同年四月，擢为镶白旗蒙古都统，七月，赏戴双眼花翎。九月，再调正白旗满洲都统，十月，赐紫禁城骑马。
由于福康安在大小金川之役中与士卒艰苦作战，克敌制胜，初步展示了他的军事才能，得到了重视武功的乾隆帝的赏识，于是一再提拔使用。乾隆四十二年（1777年），福康安被授予吉林将军之职，次年调任盛京将军。
乾隆四十五年（1780年），被授为云贵总督，成为总领一方军政的封疆大吏。在云贵期间，福康安主张铜厂立法宜详，用人尤要应实，提出在云南多开采铜矿，使铜的产量增加，受到朝廷嘉奖。乾隆四十六年（1781年）八月，福康安又调任四川总督兼署成都将军。川陕之地向来为清朝视作军事重地，十分重视其总督及巡抚的人选，一般均以满洲重臣充任，福康安任为川督后，受命严缉“咽匪”。
乾隆四十七年（1782年）五月，福康安奏蜀中“匪徒”已戢。八月，福康安即擢为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书，五月，又授为总管銮仪卫大臣、阅兵大臣、总管健锐营事务。乾隆四十九年（1784年）三月，福康安再擢而为兵部尚书、总管内务府大臣。福康安因其军功，受到乾隆的宠信和重用，不断加官晋职，成为声名显赫的朝廷重臣。
甘肃的回族事件继发于撒拉族民变之后，由田五等人团结固原州、通渭一带回民，在甘肃通渭北六十里的石峰堡修筑营寨，于乾隆四十九年（1784年）四月在盐茶厅小山地方起事，并向西北进军，但攻靖远、会宁不下，田五又于作战中死亡，遂折向东南，与通渭的回民一道攻通渭城。西安副都统明善率军与回军交战，清军陷入埋伏圈，全军千余人均覆没，明善亦毙命。在紧急形势之下，清廷急忙重瓤组织兵力，命福康安带钦差大臣关防，驰驿以赴甘肃镇压民变，并授参赞大臣，会同将军阿桂共同任事，又任命福康安为陕甘总督。
乾隆四十九年（1784年）六月，福康安统兵赴隆德，进攻静宁底店，斩杀数千，攻破石峰堡，生擒张文庆等。福康安因此晋封为嘉勇侯。鉴于甘肃一带回民习武成风，而从文应试者很少，福康安为朝廷的长治久安考虑，上奏皇帝，提出“教导回民”的善后事务，清朝在循化厅设学校，以资训迪，得到乾隆帝的赞许，学校之设，在福康安是为了驯化民众，利于统治，而对边远地区的文化教育之事必定会产生实际效用。
乾隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。福康安受到乾隆帝倚重，并被授予了相当重要的权力。
在甘肃发生回民事件之后，东南的台湾又爆发了林爽文起义，以天地会的教义相号召，形成了强大的势力。起义者在林爽文领导下，于乾隆五十一年（1786年）与清军展开激战，连克数县。清廷命闽浙总督常青为将军前往台湾府镇压民变，两相接触，农民军处于主动地位，声势更加浩大，连常青所驻府城也处于包围之中。
由于常青镇压不力，乾隆又在五十二年（1787年）七月改派福康安为将军，与参赞大臣海兰察同赴台湾作战。十一月，福康安一行渡鹿仔港（今台湾彰化西南鹿港），登岸后，由新埤进兵，以主力进攻包围诸罗县城的农民军，双方交战至仑仔顶，农民军从竹围中出而抵御，福康安令军队原地不动，自领巴图鲁侍卫冲入起义军中，起义军不幸战败。诸罗一战，福康安以扭转战局、解除城围。
同年十二月，清军继续对起义军进行围剿，福康安又统兵由内山搜至打铁寮诸社，分兵堵截海口及各要隘。终于在乾隆五十三年（1788年）正月，于老衙崎俘获林爽文。
前此诸罗被围之际，福州将军恒瑞在盐水港（今台湾台南县西北