第4章出发再见
距离那场夏令营结束已经过去了四年。如今的小智已经到达了十岁，明天正是他们出发旅行的日子。
小智道：“皮卡丘，滚球兽，你们准备好了没有，明天我们就要开始旅行，同时我们也要和千年兽对抗了。”
“皮卡丘”皮卡丘很是的兴奋已经做好准备了。
滚球兽：“没问题，千年兽就交给我们来对抗吧。”
花子走上来道：“小智，你跟谁说话呢，明天就要去出发了还不睡觉。”
小智：“我知道了，我这就睡。”说完立刻躺在那床上，滚球兽在一旁装成了布偶。
第二天
小智慌忙起床：“遭了遭了，迟到了。”连衣服都没来得及换，直接穿着睡衣跑了出去。
“明明上好了闹钟，怎么不响呢？一定是那群商家卖的不良品。”小智说道
“我觉得只是你睡过头了而已吧。”滚球兽在小智的头上说道
“你给我回来。”小智就拿出暴龙机，将滚球兽收了回去。
当小智到达研究所后小茂正准备出发：“呦，这不是小智嘛，第一天就迟到，真是有你的。我已经拿到杰尼龟了，你就在后面当我的衬托吧哈！”
小茂刚说完。不知道从哪里，蹦出来一群美女拉拉队，一直不停喊着口号
“小茂小茂真帅！小茂小茂最棒！！”
“小茂少爷超酷啊！”
“谢谢！谢谢各位女朋友们！”小茂非常花心地说道，然后上了一辆红色跑车，美女们也一并上来。
“哈哈哈哈，小智，看到没，我有女朋友们和我一起旅行，而你则是孤独一个人，要不要上我的车，和我一起旅游？我会带你挑战道馆。”
“谁要你带呀？”
“皮卡皮卡~”
在小智的怒视下，小茂潇洒的开着车，带着女朋友出发了。
大木博士走过来：“啊，小智你来了，第一天就迟到，真是的，宝可梦都已经被领完了。”
小智道：“没关系呀，我有皮卡丘就够了，对不对？”
大木博士道：“你和皮卡丘感情真好，进来吧。”
进入研究所之后，大木博士把图鉴和精灵球交给了小智其中有三颗精灵球和普通的精灵球不一样下面是一样的白色，可是上面全是鲜艳的蓝色，上面还有一个英文字母d
大木博士：“这个呢就是精灵图鉴，它可以自由记录你所遇到的宝可梦。然后呢，精灵球你可以用来捕捉宝可梦，对了对了，还有世界上好像出现了很多会说话的宝可梦，经过调查之后发现他们和普通的宝可梦不一样，所以我们研发了特殊的精灵球专门用来捕捉他们，也就是这种d-精灵球，好了，现在你出发吧。”
小智接过来：“谢谢，大木博士。”
小智从研究所出来之后发现他花子还有真新镇的居民都在这里一番寒暄之后。
花子走了过来，将小智抱在怀里，说:“妈妈知道你是个懂事，成熟的孩子，虽然偶尔你也会有犯傻，孩子气的时候，但你毕竟还是个孩子，如果旅行累了，记得常回家看看，家里的大门永远为你打开。”
感受到母亲的温暖，小智也抱住了花子，口中念到:“谢谢你，妈妈。”
花子放开了小智，说:“好了，小智，该上路了，记得要注意安全。皮卡丘，小智就拜托你了。”
“皮卡丘~”（没问题）皮卡丘对花子竖起了大拇指，笑容里露出洁白的牙齿。
“皮卡丘，我们走，向神奇宝贝大师出发。”
“皮卡丘~”
“路上小心。”“记得为真新镇争光喔。”
同时
遥远的卡洛斯地区的朝香镇。
莎莉娜道：“妈妈，那我出发啦。”
咲儿：“路上小心噢，记得先去密阿雷市找布拉塔诺博士拿宝可梦图鉴和精灵球之后再去关东哦。”
密阿雷市
看起来有点儿年轻，嘴角上有点儿胡子的，穿着白大褂的男人正在这里等着。
布拉塔诺博士：“我已经等你很久了，那么你要选择哪一个呢？”
莎莉娜道：“我早就决定了，我要火狐狸，接下来就请多指教啦。”
火狐狸直接跳上了莎莉娜的肩膀。
布拉塔诺：“这个是精灵图鉴，还有精灵球，另外的三颗是特殊的d-精灵球，是专门用来收服那种新发现可以说话的宝可梦，还有，这是去关东的机票，我已经和大木博士打过招呼了，你收服了宝可梦之后会自动传送到大木博士那里。”
莎莉娜接过东西放入背包说了声谢谢后就想着机场走去。
黑暗空间
“可恶的皇家骑士，还有那个阿尔宙斯，怎么到哪里都有阻挠我的存在。哼！等我的伤好了之后，我非要让我他们算账不成，哼，不过现在还是想办法让七魔王们再一次重现比较好，又要动用力量了。”千年兽一边说着一边散发出黑雾，黑雾渐渐形成了七个黑影，“去吸收人类的负面情绪，再一次降临吧，我的亲信，七魔王们。”
七个黑影前往了七个地区，在骑着地区的中间，吸取着那个地区所有人的负面情绪。但守卫者各地区的传说中的宝可梦谁也不知道这件事，包括在超克空间的阿尔宙斯都没有察觉，因为千年兽的黑雾似乎阻挠了他们的感觉。
关东地区的一号道路。
小智和皮卡丘以及进化后的亚古兽正与烈雀群战斗着。
因为他们在出发的时候不小心惊动了一只烈雀，结果