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东汉的中央政府组成沿用西汉官制，以三公领九卿为基本架构。但是实际政治权力已经完全转移到尚书台。东汉皇帝即位，往往以太傅或太尉录尚书事，总领政务。御史台体制贬损，成为少府属官。侍中从西汉的加官转为正式职务，设侍中寺作为侍中的正式官署，隶属少府。
太傅
东汉一朝，由于讲求经术，太子宫臣中以太傅为首。太傅借此向太子灌输自己的政治理念。太子即位后，往往以太傅录尚书事，成为事实上的丞相。历史上，赵熹、邓彪、张禹、冯石、冯鲂、桓焉、赵浚均以太傅录尚书事。太傅死，即除此官（不再任命），以示崇重。汉灵帝时，以陈蕃为太傅录尚书事，后来陈蕃被处死，以胡广继任，这是唯一的例外。
与西汉以太师、太傅、太保为上公不同，东汉唯以太傅为上公，无太师、太保官。汉献帝时，董卓迁都长安，自任太师，位在太傅上。这是权臣擅权所为，死后即废。
三公
东汉以太尉、司徒、司空为三公，位次上公。三公师长百僚，名义上为最高官职，其实并无实际权力。
东汉任命三公多以知名经师为之，以宣扬经术治国的理念。其实不过是政治花瓶而已。皇帝以尚书参决政务，并不以实权付三公。因三公以硕儒经师居官，所以往往要为很小的差错承担非常严重的责任，以示高节。例如：宋弘为大司空，在位五年，因考核上党太守无所依据而免官。伏湛行大司徒事，以冬祭高庙（汉高祖刘邦的宗庙），因河南尹与司隶校尉在庙中争论失仪，而伏湛没有上奏此事，免官。汉光武帝对大臣非常严厉、苛刻，韩歆为司徒，以直言忤旨，免官遣归乡里，与其子皆自杀。之后，欧阳歙、戴涉相继任大司徒，下场都是论罪下狱、被处死。
太尉
汉光武帝即位，置大司马官，负责全国军官的考核，每岁末，评定等次，上奏皇帝，作为军官升迁、降调的依据，当时有大司马吴汉。
参考：《后汉书·百官一》太尉条原注：“掌四方兵事功课，岁尽即奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（51年）改大司马为太尉。
按东汉制度，三公掌谋议国之大政。太尉的主要参政途径就是与司徒、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。东汉一朝，仅见牟融、徐防以太尉录尚书事，与太傅参决政事。这说明太尉除非被任命为录尚书事，并没有决定政务的职权。
按东汉以三公领九卿的制度，太尉领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人，秩千石，总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。在诸曹中，西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件，接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。此外，还有黄阁，主簿，是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人，阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹，办理文书事务。从东汉太尉府诸曹的设置以及职掌来看，太尉的管辖范围似乎非常广，但那都是名义上的东西，太尉诸曹所领事务，或受制于尚书台，或仅仅为文牍往来，本身并没有可否之权，而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
司徒
汉光武帝即位，置大司徒官，负责人民教化，掌礼仪诸事。与太尉、司空共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
参考：《汉官仪》：“王莽时，议以汉无司徒官，故定三公之号曰大司马、大司徒、大司空。世祖（刘秀庙号）即位，因而不改。”《后汉书·百官一》载：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、逊顺、谦俭、养生送死之事，则议其制，建其度。凡四方民事功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（公元51年），去“大”，称司徒。
司徒领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属三十一人。
司空
汉光武帝即位，置大司空官，负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务。与太尉、司徒共同讨论皇帝交议的国政，定议后会衔上奏。
参考：《后汉书·百官一》云：“掌水土事。凡营城起邑，浚沟洫、修坟防之事，则议其利，建其功。凡四方水土功课，岁尽则奏其殿最而行赏罚。”
建武二十七年（公元51年）去“大”，称“司空”。汉献帝建安十三年（公元208年），改司空为御史大夫，职掌不变，不领御史台，与前代御史大夫仅仅是名称相同而已。
司空领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
大司马
汉武帝废太尉设大司马，加于大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军之上。东汉光武帝又废大司马为太尉，为掌管军政和军赋的最高官职，即全国最高军事长官。东汉时太尉与司徒、司空并称三公。东汉光武帝刘秀时削弱三公的权利，后来三公几乎无实权只是荣誉的象征。东汉末年，三公（太尉、司徒、司空）已成为虚