但是，永历朝廷的内部剧烈争斗也渐渐暴露出来，
先是朱由榔手下的大太监王坤借着朱由榔的宠幸，颐指气使，对那些战功赫赫的将帅们吆五喝六，这让很多大将不满。与此同时，朝中各种明争暗斗，此起彼伏。
生性懦弱的永历皇帝哄了这边，又哄那边，按倒了葫芦又起了瓢。
他只会哄，谁也不愿意去得罪，谁也不敢得罪，他只希望大家和和谐谐，团结一致做好光复大业。
这边的朱由榔内部正在掐得你死我活，那边的清军已调整了布局，个个击破，金声恒、王得仁、李成栋、何腾蛟在一年之内纷纷阵亡。
刚刚有些起色的永历王朝，又一次陷入尴尬的局面，变得岌岌可危。
就在朱由榔走投无路的时候，再一次柳暗花明，这一回的幸运之神名叫孙可望。
孙可望本是张献忠的养子，但是张献忠死后，他的四个养子——孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇之间明争暗斗，互相不服。
此时，四人已经占据了云贵高原，各自建立了自己的政权。
有人给孙可望出主意说，如果你想要名正言顺地压过其他三人，就得有人正式封你才行。
孙可望一听，是这么回事，于是派人向永历皇帝朱由榔称臣讨封。这件事再次印证了那句话：世界上没有永远的敌人，也没有永远的朋友，只有永远的利益。
朱由榔自然愿意，反正封号也已不值钱，于是封孙可望为“秦王”，随后永历皇帝被孙可望安置在贵州一个名叫“安龙哨”的地方。
孙可望明明可以自己称王称霸，但为了追求名正言顺，而把一个毫无感情基础的皇帝请了来。朱由榔为了寻个安身之处，不得不避于暴戾军阀孙可望的羽翼之下。
人在屋檐下，不得不低头，在安龙哨，永历备受凌辱，就像一个牲口一样。孙可望以居高临下的姿态，有一搭没一搭地喂养着他，之所以还给他一口饭吃，不过是为了挟天子以令诸侯。
永历皇帝并非胸无大志，也不是没有想过光复祖宗基业。他不喝酒、不好色，具备好男人本色；他严以律己，宽以待人，为的是拉拢更多的反清志士；他背地里常常流泪，深觉愧对祖宗。但在如狼似虎的孙可望那里，永历帝的个人感受永远等同于无，他注定只能是一颗棋子。
久而久之，孙可望不安于“秦王”之名，就希望朱由榔让位给自己，自己当皇帝，让永历当太上皇。
这个想法一暴露，自然有善于拍马屁的人前去探永历的口风，永历既不敢明确反对，又不愿受这个窝囊气，于是派人给大将李定国送密信，让他赶快来救自己。
不料，信刚送走，消息暴露出去，孙可望派人问皇帝是不是有这么回事。永历不敢承认，不敢否认，最后还是跟着他到安龙哨的那些大臣们勇敢地站出来，说，信是我们写的，跟皇帝无关！
孙可望二话不说，将朱由榔手下的十八位大臣全部砍头，十八颗人头落地，顿时一片血雨腥风！
这真的是才出虎穴，又入狼窝啊！孙可望这样的人怎么可以指望呢！永历帝私下里不知抽了自己多少个大嘴巴。万幸的是，李定国不久终于带兵来到贵州安龙哨，设计谋秘密救出永历皇帝朱由榔。
此后一直到他死，李定国一直是永历皇帝朱由榔忠心耿耿、不离不弃的臣子。
1657年，孙可望跟李定国闹掰了以后，赌气投降了清朝，兄弟反目成仇，开兵交战。
此时朱由榔的地盘就像挤牙膏一样，被清军一点点挤出中国，在一场场战斗和逃跑中，朱由榔与李定国的大军失散，一直逃到了缅甸。