看到小智走了出来，正在打扫卫生的山本走上前来询问着：“小智君，博士的讲课结束了是吗？”
“大概还没有吧，因为我是被撵出来罚站的。嘿嘿！”小智有些不好意思地挠了挠后脑勺说道。
山本弯腰道歉着：“实在是对不起，本来你们只是来观光的。却被博士单方面地拽过来听课了。不过还请见谅，毕竟博士是真的热爱考古，才会做出这些事。”
“我也看得出来啊，有这种品质的人才是令人敬佩的。”小智笑着说道，“不过罚站，还是算了吧。我可不想承受被同学们目光包围的羞耻。”
话刚说完，一个身穿黑袍的黑影，从旁边走过。光天化日之下，居然穿成这样，很难不引起两人的注意。可当两人扭头看去时，黑袍人突然加速，消失在两人的视线中。
“那是······”
“喂，给我站住！”山本冲出研究所想要追上去，但已经看不到任何人影了。这个时候，穿成这样，进到遗迹中，怎么看也不像是来观光的。
正这么想着，小智穿过山本，朝着一个方向跑去。似乎还跟着一只皮卡丘。“诶，小智君。你要去哪？”
“啊？我，我也不知道啊！”小智留下这么一句，也消失在了山本的视线中。山本立即追了上去，直到他追上了小智，才发现小智是在跟着皮卡丘跑的。
“小智，这到底怎么回事？你为什么会······”“你为什么会跟着皮卡丘？”这句话还没说完，小智就一指前方，“快看！”
山本顺着小智指的方向看去，看到那个黑袍人正要进入一间石室。“那家伙要干什么？喂，给我站住。”
黑袍人看到两人追了上来，立即进入到了石室中。小智和皮卡丘猛然加快速度，随后跟了上去。而等到山本跑进去时，却发现石室里空无一人。
“这······”山本惊讶地说不出话，扭头观察着这并不多宽敞的石室，居然一下子“吞”了两个大活人，还有一只皮卡丘。“还、还是先回去报告博士吧。”
时间到回到小智追进了石室中后，就看到那个黑袍人用什么仪器对着墙壁比划了下，石壁上突然闪耀出奇异的光芒，黑袍人一头撞上光芒，真的穿过了墙壁，消失不见。
皮卡丘也是毫不犹豫，跳进了光芒中。小智见状也只好跟上。
进到这“奇异之光”的内部后，看到面前是一处宽大的走廊，走廊两边有微弱的火焰，给漆黑的空间中带来一点光亮。
小智疑惑地问皮卡丘：“皮卡丘，你差不多能告诉我了吧，到底是怎么回事？那个黑袍人很危险吗？而这又是哪？”
在研究所时，黑袍人一出现，皮卡丘就从宝贝球里跳了出来。小智知道，皮卡丘是不会随随便便就自己出来的，除非是有什么强敌是小智对付不了的。
“皮卡，皮卡皮卡，皮卡——皮卡丘！（嗯，那家伙确实很危险。奇怪的是，那家伙身上有着熟悉的能量波动，说明是我们见过的人。但我能感觉到，现在的他异常的危险。至于这里是什么地方，我并不知道。）”皮卡丘解释道。
“危险的人，那我们为什么还要追上来啊？”小智吐槽道，“要是这是什么陷阱，我们不就完了吗！”
“皮卡！”皮卡丘一尾巴打在小智膝盖上，冷冷地说，“皮卡丘，皮卡丘皮卡，皮卡皮卡？（不盯紧那家伙，不弄清楚那家伙的目的，就不怕你身边的人遭殃吗？）”
小智立马明白了，皮卡丘还是担心黑袍人在遗迹内的行动，会波及到克丽丝以及宝可梦蛋。看来皮卡丘还是挺关心自己的孩子的。“那这里真的不是什么陷阱吗？”
“皮卡丘。（不知道。）”皮卡丘直接了当地说。小智差点倒地。搞了半天，这家伙也是热血上头，没想那么多。
“皮卡，皮卡皮卡。（但我对这个地方散发出的能量波动，有种熟悉的感觉。）”皮卡丘一边说着，一边用小手摸了下胸口，似乎在感应着什么。
皮卡丘微闭双眼，一手放在胸口，突然猛地一睁眼，说到：“皮卡！（感应到了！）”
“什么？那个黑袍人吗？”小智急忙问道。
“皮卡皮，皮卡丘。（没时间解释了，跟上。）”皮卡丘用不可置疑地语气说道。说着，快速地朝一个方向跑去。搞了半天小智还是什么都没弄清楚，算了还是跟上吧。
可就在一个转角时，小智一头撞到了什么东西，捂着鼻子叫着：“唔~这什么啊？怎么会有人在这里放障······”
小智话说一半，睁眼看向周围，居然到处漂浮着形状各异的未知图腾。这些黑色的小家伙，身上散发着淡淡金色光晕，时不时地闪烁着，这片走廊顿时明亮了许多。小智瞬间愣住了，未知图腾居然都藏在这里！
“皮卡，皮卡皮卡？皮卡丘！（小智，你在哪愣着干嘛？快点跟上！）”皮卡丘叫唤着，似乎并没有因为这漫空间飘浮的未知图腾而感到惊讶。
“哦，哦，我来了！”小智也知道现在不是惊讶这个的时候，便继续跟上了皮卡丘。
一人一宝可梦，在走廊里圈圈绕绕终于是走到了看似尽头的地方。接着只要登上面前这节楼梯就能到了吗？小智这么想着，跟着皮卡丘继续上跑。
两人跑了几分钟，来到了一个完全更加陈旧的空间内。周围的墙壁全是各种未知图腾的图案，有些地方还刻有人类形状的壁画。