前后两三波人都未能辨认出太子的真假，事件再次陷入了扑朔迷离之中。
十一月十五日，兵科给事中戴英上奏：“南来太子真假未辨，请多官会审。”朱由桦表示同意尽快立案审理。
第二天，朱由桦正式下旨会审太子于大明门外。在开审前朱由桦先召见了前左春坊左中允刘正宗和右春坊右中允李景濂入武英殿谈话。
一见面朱由桦就极其严肃地向二人道：“两位爱卿虽是太子旧日的讲官，确定能辨太子真假么？”
刘正宗当即表示：“太子若真还好，若假，臣定会将其问得哑口无言！”
对于这个答复朱由桦很满意。
群臣先后在冯可宗府邸见到了自称太子的少年，其中一位朝臣拿出来一张紫禁城的地图放在了少年面前然后开始问问题。
“这是哪的图？”
“这是北都宫殿的地图。”
接着官员手指承华宫问这是哪里？少年笑了笑：“这是本宫居住之所。”
又指向坤宁宫，少年说：“这是母后的居所。”
地图辨认题问完，正确率百分之百。
这时又一名朝臣走上前问：“公主（即有名的长平公主）现在在哪里？”
少年的脸上略带忧伤，叹了一口气：“不知道，想必是凶多吉少。”
城破前夕，崇祯虽然砍了长平公主一剑，但公主并没有死，而是被及时抢救了过来，后来便一直被安置在北京。所以对于公主保住了一条性命的事虽然普通士绅不清楚但不少南来的官员都清楚。
有个南来官员见少年答错了就站出来说：“公主和都人们（指宫女）一起逃到周国舅（周奎）家去了。”
言外之意就是：连这个都不知道你就别装了老实交代吧。
哪知少年的回答却让这个官员手足无措：“当时同都人一起逃往周国舅门家的人，不是公主而是本宫。”
再争论下去也没意思，反正当时兵荒马乱的，什么说法都有，但没有一个是众人可以公认的。所以这时刘正宗作为杀手锏上场了。
“我原是东宫讲官，你可识得我？”
“不认识。”
“太子平日在哪听课？”
“文华殿。”
“太子一般是怎样练字的？”
“诗句。”
“一般写几行？”
“写十行。”
“讲读先后都有什么内容？”
“忘了。”
刘正宗正想接着问下去。却发现少年不再回答了，只是冲着刘正宗笑。
刘正宗被少年笑到发毛，就停止了问话。
少年一脸嘲弄道：“你认为本宫是假的就是假的好了。本宫原本就没有想过和皇伯父争皇位的。”
有了这句话，在场的朝官们都不说话了，问答到了这一步再往下问也就没有意义了，于是诸臣一合计决定收工复命。
刘正宗回奏：“眉目全不相似。讲所、仿书全说错了，臣认为南来太子是假。”
兵科给事中戴英也回奏：少年假冒太子，并没有提到先帝曾经让他在中左门旁听庭审的事，而且问他嘉定伯的姓名他也不回答。因此戴英最后的结论也是太子为假！
他同时也提出了一个重大疑问：小小年纪的少年是不可能做到这一点的，这个假太子的背后一定有一个大奸大恶之人图谋不轨。所以戴英强烈建议一定要查出幕后的主使者，并且交给有司严厉惩处。
戴英提到的中左门庭审的事这里有必要简单提一下。当年崇祯曾在朝堂之上公开审讯一个叫做吴昌的罪臣，而与此同时为了让太子能够积累一些治国的经验，从中得到学习，崇祯特地叫上太子跟着一起上朝，并让他在中左门旁听，所以那一次有很多的大臣得以见到太子一面。
而且那件事是发生在崇祯十六年，距离现在只有一年左右，因而戴英认为如果眼下的人是真太子，他一定会对这事有印象的。然而在问话时戴英当众向少年提出了这个问题。少年却答不上，很明显有问题。
不过这依旧只是猜测，不算有力的证据，难以服众。
第二日，案件再次出现新的线索，有一个在东宫内当过差的内侍向朱由桦送上了一份密疏，称真太子的小腿腿骨异常，每根骨都是双骨，因此无人能够假冒。
于是朱由桦又结合前日刘正宗、李景濂提供的太子眉长于目的体貌特征和当时清廷几乎在同时审理假太子案时崇祯的袁妃提供的有虎牙，足下有黑痣的三大典型特征，派人去少年居住处一一查看。
不久朱由桦得到回复，通过仔细查验，少年的体貌特征并不符合其中的任何一点。
朱由桦很是欣慰，把这个结果告知群臣，并谕令明日再审。真相似乎就要水落石出了。
第二天，太子案于午门开庭。为了充分体现审案过程中的公平公开公正，朱由桦特地将另外一个担任过东宫讲官的关键证人方拱干找来参加辨认。
方拱干此前因为变节被牵连到“顺案”中，下了监狱，因为情节不算严重，没有被判斩决和流放等重刑。
方拱干与前面的刘正宗、李景濂不同，曾长期担任过詹事府少詹事一职是太子的主讲官，所以对太子的具体情况肯定是相当熟悉的。现在正值关键时刻，朱由桦也不得不把方拱干放出来，好给南都诸臣和关心此事的士民百姓们一个交代。
等到一切准备好了，官员们也都到齐了。
主审官王铎指着方拱干道：“可知这位是谁？”