相比起谈之色变的大头瘟鼠疫来，天花虽然也是一种烈性传染病，但在明代的南方已发明了人痘接种术来预防，有专业的痘医世代相传，师承相授。接种办法是用棉花醮取痘疮浆液塞入接种儿童鼻孔中，或将痘痂研细，用银管吹入儿鼻内；或将患痘儿的内衣脱下，着于健康儿身上，使之感染，从而得到抗体来预防天花。
这种种痘技术虽然可以防治天花，但这种技术有着严格的季节限制，痘源是天花病人的人痘，具有极大的危险性，平时人痘难求，无种可种，一旦天花爆发，患者已是成千上万，一发不可收拾。
所以，这种人痘技术虽然诞生在南方，但直到明末，并没有得到大范围的推广。清军入关后，连顺治皇帝也死于天花，直到康熙年间，这种人痘技术才得到全国性的推广。
当阎小玉诚惶诚恐地把她的发现告诉给父亲时，阎应元沉默良久，然后摸抚着女儿的头发，道：“玉儿，时到如今，城如危卵，须臾之间就是城破人亡的结局，满城之内，尽是视死如归之辈，连死都不怕，区区痘疫，我们还有什么值得好怕的？
阎小玉流着泪道：“难道就由着痘疫在城内肆虐么？”
阎应元艰难地吸了一口气，道：“死在痘疫之下，与死在鞑子的屠刀下，终归只是一个死字，并没有什么区别。”
阎小玉哭道：“父亲，我们不死于痘疫，还能与鞑子拼一个算一个。要是死于痘疫，性命都没有了，我们拿什么去拼？”
阎应元擦干了女儿的眼泪，沉默了良久，才道：“就算性命没有了，我们也可以去拼的。”
阎小玉不解。
阎应元道：“满洲鞑子初入关内，水土不服，畏痘如虎，染者即死。所以，痘疫出现城内，不是天欲亡我，而是天逐我愿。你可以想象，满城大疫，城破之时，就是我们与鞑子同归于尽之日。”
阎小玉潸然泪下之余，听罢父亲的话，只是哑然不已。
阎应元又道：“玉儿，为了死守江阴，我们能难上的法子都用上了，诈降、偷营、夜袭、火攻、钉炮眼、草人借箭、装神弄鬼、让耆老去自杀袭击、中秋之夜登陴楚歌，我们无所不用其极。现在，我们又多了一个法子……最后的一个法子。”
阎小玉只是泣不成声。
阎应元胸中一阵隐疼，忍不住咳嗽了一阵，趁着女儿不注意的时候，悄悄抹去了嘴角的血丝，又道：“玉儿，就算现在城内四处出现疫情，你不要声张，因为声张也没有用，鞑子攻势日急，我们根本没有余力去照顾病患，扑灭疫情，反而只是影响了军心。而且，切莫让城外的清军得知城内的疫情。”
阎小玉道：“要告诉陈叔叔他们么？”
阎应元道：“这是大事，得要让他们知道。呆会清军攻势稍歇时，你把他们找来，为父与他们详谈。”
阎小玉抹干眼泪，只见父亲疲倦地闭上眼睛，干涩的嘴唇没有一丝血气，道：“父亲，你需要睡一会儿了。”
阎应元疲惫地点点头，就在阎小玉走出房门时，又喃喃道：“玉儿，为父真的后悔……在你小时候，为什么没有给你种过痘……”
阎小玉刚抹干的泪水又迷糊她的视线。
这一夜，阎小玉没有回夫家陆府。
深夜时，陆楷到明伦堂来寻她，阎小玉也是避而不见。
第二日，阎小玉也没有回家。
第三日晚，陆楷又来到明伦堂的偏厢外，拍着房门，哀声道：“娘子，你为什么无缘无故生我的气啊？是不是怪我是个百无一用的书生？是不是怪我手无缚鸡之力没有登城杀敌么？”
由于其父阎典吏在江阴的民望颇高旭，而且阎小玉性格倔强，又通人情世故，嫁入陆家之后，行事大度得体，与性子懦弱的陆楷相比，夫妻之间，自然是阎小玉比较强势。
这几天阎小玉突然对陆楷冷淡之极，连见面都不见一面，陆楷自然患得患失，以为娘子恨铁不成钢，生自己的气。
任陆楷如何诉说衷肠，阎小玉就是没有开门。直至陆楷失望离去。
又是一夜的失眠，让阎小玉分外的憔悴。天明时，陈明遇突然赶到明伦堂，对阎小玉急道：“正明昨夜上夜杀敌了，他……他……”
阎小玉见了陈明遇的神色，顿时明白事情原委，五雷轰顶之余，夺门而出，直向城头狂奔而去。
城头上，阎小玉见陆楷已倒在血泊中，抱着他忍不住嚎啕大哭。
陆楷轻轻抹着她的眼泪，道：“娘子，不要生我的气好么？……我已经尽力了啊。”
阎小玉听吧，失声泣道：“我不是生你的气，只是因为我已身染痘症，不想传染于你……”
陆楷如释重负，道：“原来如此……娘子，莫要悲切，我虽一介小人，今日得之士大夫之烈，为忠义而死，死之犹生也。”
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隆武元年十月十八日夜，江阴城陷，城外清军蜂拥而入。
城内义士巷战不已，血尽方休。四民视死如归，咸以先死为幸，无一降者。合家自焚、自刎殉节、赴水投井、投缳者不计其数。城内河塘、水池、井眼处处填满，叠尸数重。
满城烽火，彻夜不熄。
次日天明，博洛方知城内大疫，勒令全军急撤城外。午时，博洛以驰援苏州为名，率满兵主