在明军这一边，正如代善分析的那样，正月二十二在军务院的统一安排下集合了毛文龙的东江军两万，赵率教的两万特种修城部队，还有祖大寿的五千水师6战营。为了统一协调和锻炼人才，天启亲自点名要求军务院派出军参处的陈奇瑜去统一调度这四万五千人，同时让侯恂回京另有安排。
在陈奇瑜进军参处这半年多来，虽然他话不多但很多意见都很中肯，平时的安排上也有许多独到见解，给天启留下了深刻印象，为了避免其成为赵括和马谡那样只会纸上谈兵的人，天启决定让他到前线去锻炼一下。谁知道陈奇瑜还没出就要求面见天启，见了天启后立即提出在南关建城的想法不成熟，他的具体理由是现在明军还不具备跟女真人去野战拼杀的实力，如果现在去南关建城跟女真人拼消耗，明军的消耗会远远大于女真人的消耗。
天启听了他的话后悄悄地在考虑，不过陈奇瑜的最后一句话使天启最终下了决心，他说南关两面是海，要在那儿建城随时都可以去，没必要在现在条件不成熟的情况下去赌，如果这次让他去协调军队，他的主要重点会放在掳民和杀敌上面，这样才能大量消耗敌人的有生力量。天启深以为然立即同意了他的想法，并下旨让毛文龙、赵率教、祖大寿等人都听从他的安排。