除了水师部队外，刘钧把自己的其余差不多两万余人，分成了三个战斗群，每个群辖将近八千余人，下辖一个炮兵团，一个骑兵部，另加一个辎重部。以及五个步兵部。
每个战斗群临时任命一个司令官，下辖一个指挥部和一个参谋部，由他们指挥整个战斗群的各部司兵马。
“拿出你们的精气神来，这一次，我们要让所有的土著都为我们大明的军威所震慑，让他们从此拜服到我们王师之下。对于如番仔王这种不服王化者，要坚决的打击。但对于那些愿意臣服的，则要宽宏。另外。严禁伤害那些番民，也不许侵夺他们的财产，以后，他们都是我们大明的子民。”
刘钧还给各部一个命令，每经过一个番人村社，都要仔细的普查清楚他们的人口以及族群，还有他们的领土村界等，并且还得将这些调查清楚的东西让那睦村社头领们签字画押，然后刻成碑文。树在村中。
对于肯臣服的蕃民，要好生安慰，给他们发些衣物食品，帮他们免费检查下身体。可对于那些不服教化王法的，则要适当的展示一下军威，教训一下。
这一次出兵，就是要让台湾的蕃民起码三十年不敢胡来。
顺便。刘钧也让他们每到一地，就跟当地蕃人交易。拿银币盐巴布匹等，换他们的鹿皮牛角黄金硫磺珍珠玉石等等，交易总是最能沟通的。
刘钧率大军分成三路出发，左右两路分别沿着台湾两边海岸一带向北前进，而中路则直接在中部北上。同时刘钧在大员留下少数的人马驻守。并通知郑芝龙，让他带着舰队截获了荷兰的商船队后，航行到基隆等他，刘钧打算这次三路兵马大游行，从台南一直走到台北的基隆，然后再乘船返回大员。
台南台北相距数百里，刘钧打算花半个月时间来走这一趟。好好的扫一遍。
“好好的把各村社部族的领土界限登记好了，以后我们就以此为证。属于那些部族村社的土地归他们所有，但是不在登记上的土地，则属于朝廷所有。今后朝廷移民前来台湾，就将这些土地分发给移民。”
“若要耕种各土人的领地，需要购买或者交换，不得无故侵占，免生纠纷。”
何腾蛟对于刘钧的这番安排，表示同意。
“只要侯爷能与各村社立下公约，划清界限，那么以后下官定会遵守。”
崇祯十二年十二月初，京师紫禁城。
乾清宫中，崇祯正与梅之焕李长庚两人议事。
“两位先生，朕又有好消息告诉你们，镇南侯继招降台湾北盘踞的西班牙人后，前些日子又移师台湾南部。盘踞在那里的荷兰人还试图抗拒我大明天威，结果，你们猜怎么着”
梅之焕望着满脸眉飞色舞的皇帝，也知道这肯定是好消息了。事实上，他其实比皇帝更早知道了大员的战况。刘钧出京之后，一直与他保持着联络，基本上每隔两三天他都能收到一封书信。
澎湖海战，大员海战，攻城之战，几场大战打的十分激烈。尤其是他从信中钧禀报红夷们的战舰居然有二十多丈长，主桅高达十几丈的时候，拥有数层的炮甲板，一艘战舰就拥有一百多门大炮，全是三千斤到七千斤的巨炮，威力远胜红夷炮。
听到刘钧说两门十八磅只要百发就能轰塌一堵数丈高丈厚的墙堡墙壁时，梅之焕确实是相当震惊的，尤其听说红夷舰上的加长大炮，能够一炮轰击十二三里远，不是夸张，而是真的能打十二三里远时，梅之焕当时惊的手都发抖了。
而当刘钧在信里告诉他，他们从荷兰和英国以及西班牙人手里夺取了近三千门各式大炮时，他更是惊的差点一口气没喘过来。
崇祯兴奋的在那里走来走去，声音都提高了八度。
“两位先生，你们知道吗，镇南侯在台湾先败西班牙，再败荷兰，其中还有个什么英国的也插了一脚，也被打的大败回家去了。你们知道吗，镇南侯收复了台湾，俘虏了数千红夷，还缴获了十几艘战舰，其中有的战舰足有一百多门大炮，全是数各斤的红夷大炮，比我们的红夷大炮还要强。”
“这个镇南侯，真是处处出乎意料啊，简直就是朕的霍去病，朕的卫青，朕的李靖李绩。哦，还有个好消息，镇南侯还缴获了不少红夷们的商货，估计拍卖后能得二三百万两银子。”
崇祯在此之前，其实对台湾一无所知。而现在，崇祯却天天趴在地盘上，打量着台湾的位置。
“镇南侯还上奏称，要在台湾设立一个特别贸易区，说是以后这里经营好了，每年能为朝廷带来数十万两银子的收益。他还请求朝廷允许向台湾移民，他说那里要是开发出来，能安置千万百姓移民屯田，还说开垦出来的田地耕种出来的粮食，能够供应数几千万人，还说那里会成为朝廷的一个新粮仓。”
崇祯兴奋的停不下来，走来走去的说个不停。
“两位先生，镇南侯还说，要向西班牙和荷兰索要赔款，这个事情你们怎么
梅之焕望了眼李长庚，然后回答道，“陛下，臣以为，此事镇南侯最为清楚其中状况，此等事情，还是由镇南侯钦差处置为好，臣相信，镇南侯当能妥善处置。不过陛下还是当下旨提醒镇南海，东南海上之事，适可而止，收复台湾就好，莫要过而不及，若与这些红夷纠缠不清，倒时反而牵扯