几乎与赤眉军建立政权同时，汉宗室、南阳豪族刘秀也建立了东汉王朝，称光武帝。他不仅大肆纠合地主、贵族势力，而且分化、削弱农民起义队伍。光武帝建武二年（26年），在刘秀与地方贵族的封锁和连年战争破坏下，由于刘玄旧部和关中豪强武装夹击，长安粮绝，境况困苦。赤眉军士兵多是山东人，此时思乡心切，而且纪律也日益涣散，事故迭出。为了摆脱困境，樊崇于东汉建武二年（公元26年）十二月被迫退出长安。
建武二年（公元26年）十二月，赤眉军在与汉将邓禹、汉中郡守延岭、更始政权的将军李宝所部连续苦战后，仅以20万人突出长安东返。
建武三年（公元27年）正月，以佯败诱敌之计败邓禹、冯异军于湖县（今河南灵宝西北）。三月，樊崇率军进抵湖（今河南灵宝境）、崤底（今河南渑池境），遭到刘秀派遣的大将邓禹、冯异的接连攻击，损失惨重。接着，在宜阳又遭到刘秀亲自率领的大军的截击，大部被歼，刘盆子、樊崇等被迫投降，赤眉军的反抗斗争，也因此而告失败。同年，樊崇和赤眉军首领逄安等再度起义，结果失败被刘秀杀害。
可以说，樊崇此人算得上是新朝变乱的历史当中，一位举足轻重的存在。但是因为其相对而言缺乏远见，并没有一种建立固定控制区发展势力的思维，在前期更是以流动的方针进行作战，导致了其在很多方面的后续根本缺乏相应的准备。
若是樊崇采取的是一种稳健的作战方针，那么对于之后的事情而言，就是一种很大的变化基础。
当然，流动作战的战术并不是一无是处，就以很多方面而言，若非是樊崇采取流动作战方针，恐怕他们在一开始就缺乏与新朝正规军进行正面抵抗的力量，最终落得一个惨淡下场。
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而这个世界的樊崇，则是因为王莽党羽之一，当其时的齐郡郡守因为讨好王莽，决定在其管辖地区发行宝货，结果落得一个家破人亡的凄惨下场。
因为宝货的实际价值基本上为零，本来只不过是一个县学导师的樊崇，根本无力使用这些宝货购买米粮，养家活口。
在经历了短暂而悠长的三个月时间之后，樊崇的妻子儿女，甚至是其年迈的母亲，相继饿死。
樊崇虽然没有在这一次大变故当中死去，但是他投奔到当其时的起兵反抗齐郡郡守的即墨城城守窦融的麾下，加入到反抗王莽暴政的队列当中。
……
窦融，同样是一个著名的历史名臣，刘秀对其有着相当高的评价：“劳镇守边五郡，兵马精强，仓库有蓄，民庶殷富，外则折挫羌胡，内则百姓蒙福。”
窦融（前16年—62年），字周公。扶风平陵（今陕西咸阳西北）人。新莽末至东汉时期军阀、名臣，新莽末曾从王匡镇压绿林、赤眉，拜波水将军。后归刘玄，为张掖属国都尉。刘玄败，被推行河西五郡大将军事，据境自保。
光武帝即位，遂决策归汉，授职凉州牧，从破隗嚣，封安丰侯。而“窦融归汉”也成为后世的著名典故。后入朝，历大司空、将作大将，行卫尉事。晚年因家族子弟放纵不法而遭到责让。
永平五年（62年），窦融去世，年七十八岁，谥号“戴”。
而在历史上，窦融是东汉时期著名的窦氏家族的奠基人。若非是窦融投效刘秀，恐怕窦氏家族的辉煌必然失色不少。
光武帝刘秀对窦融的信任，他的官职不断升迁，先后任冀州牧、大司空、卫尉，位列三公。他的兄弟子侄也都飞黄腾达，其子窦穆娶了内黄公主为妻，任城门校尉；窦穆的儿子窦勋娶沘阳公主为妻；窦融的侄子窦固娶涅阳公主为妻，以黄门侍郎袭其父爵为显亲侯，后迁任中郎将，奉车都尉。窦融的堂侄窦林为护羌校尉，镇守边关。
当时，窦氏家族一公、两侯、三公主、四人俸禄各二千石，供驱使的奴婢数以千计，在洛阳城里，他们祖孙三代的豪华府第相连，雒阳城中的士族无人能比。
刘秀的儿子刘庄即位后，采取了严历的抑制豪强士族、功臣勋旧及外戚集团的政策。首先是窦融的侄子护羌校尉窦林获罪被诛，窦融因之受到汉明帝的严历斥责，并被免了卫尉一职，回家养病。
而此时他的儿子窦穆仍不知检点，为了满足贪欲，假造阴太后旨意，勾结执法官史，占据他人的封地，汉明帝大怒，窦氏全族受到株连。这一年窦融病死了，窦穆和儿子窦勋死在狱中。窦氏家族遭到沉重打击。
直到窦固得到了汉明帝刘庄的宠信之后，窦氏家族才再次有所起色。
窦固（？—88年），字孟孙。扶风郡平陵县（今陕西咸阳西北）人。东汉时期名将，窦融之侄。年少时因娶光武帝刘秀女涅阳公主而被任命为黄门侍郎，他好读书，喜爱兵法。世袭父亲显亲侯爵位，曾任中郎将，与马武击破