武则天怎么处理呢？她对来俊臣还是相当有好感的。她知道来俊臣得罪的人很多，但那都是自己让他干的，至于说来俊臣想要当皇帝，武则天无论如何是不相信的。何况来俊臣还是个美男子，武则天对于美色总是很感兴趣，她想保住来俊臣，因此迟迟没有答复。
然而越是这样，那些告来俊臣的人越害怕，要是来俊臣不死，接下来就得是这些人回家准备棺材去了。宰相，武则天的面首，都被动员起来游说武则天，所以最后武则天不得不处理。
起初来俊臣多次指责武氏诸王、武后的女儿太平公主、张昌宗等人的过错，武后听了，放下来，不采取行动。到这个时候，武氏诸王，都怨恨来俊臣，一起来证实他的罪恶。武后下令在西市将来俊臣处斩，当时来俊臣四十七岁，人们都互相庆贺说：“现在终于能够背挨着床，睡个踏实的觉了。”
斩首那天，洛阳城的老百姓倾城而出，都来看热闹。来俊臣人头刚一落地，百姓蜂拥而上，把来俊臣的尸体挖眼剥皮，连五脏六腑都掏了出来。
大家争着挖来俊臣的眼睛，剖开他的心肝，将他剁成肉酱。一会儿功夫，他的肉被割尽，然后又用马踩他的尸骨，最后来俊臣什么也没有剩下，他的家属都被没入官府为奴。
来俊臣把多年的酷吏经验总结成了一部理论书籍《罗织经》，这是一部专讲罗织罪名、角谋斗智的书。它是人类有史以来第一部制造冤狱的经典，更是酷吏中第一部所写的施恶告白。
宰相狄仁杰阅完《罗织经》，全身颤抖，冷汗直流；女皇武则天面对《罗织经》，竟然仰天叹道:“如此的心机，朕未必能胜过他。”
来俊臣之死，归咎于他得志后的忘乎所以，忘记了自己只不过是武则天放出来咬人的一条走狗，政敌死完了，狗也没用了。兔死狗烹就是这个道理，可惜他至死也没有把这个道理弄明白。
来俊臣当权的时候，属托吏部选授了二百多名官员，等到来俊臣死后，有关官员都向朝廷自首。武后责备他们，他们回答说：“我们违犯了陛下的法令，自身被杀；如果违背了来俊臣的意思，就得全家覆灭呀。”武后赦免了他们的罪过。