但敬君弘并不听从，而是马上便与中郎将吕世衡大声呼喊着，向李世民的军队冲去，结果全部战死。
把守玄武门的李世民属下士兵与薛万双等人奋力交战，持续了很长时间。
薛万双亲自擂鼓呐喊，准备进攻秦王府，让李世民一方的将士皆大为恐惧，生怕家眷被害。
不过，就在此时，李世民却是提着李建成和李元吉的首级给薛万双等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散。薛万双与亲兵数十人则趁乱逃出长安城，逃入了终南山中。
冯立杀死了李世民帐下大将张宝德后，方对部下道：“冯某总算可以报答太子殿下了。”
随即，他便在四面涌来的李世民手下军队围攻中，身中数十箭而亡。
李世民这时一不做二不休，继续率领大军进攻皇宫的武德殿，与李渊的直属卫队发生了战斗。
而皇宫中的禁军由于养尊处优，久不战斗。战斗力与李世民的精锐部队玄甲天兵，完全不在一个档次上。加上如今李世民的军队已经控制了长安城的大局。在程知节的率领下不断前来支援，很快武德殿便失守了。
李渊望着满身血污，一脸狞笑的李世民，亦是吓了一大跳。
他大惊失色问道：“今日作乱之人是谁？世民你到此做什么？”
“父皇，儿臣救驾来迟了。”李世民冷笑了一声，然后接着说道：“燕王和齐王企图杀死父皇和孩儿，独揽大唐政权。孩儿得悉他们的阴谋后，便率军回师长安救驾，现在已经控制了城中局势，李建成和李元吉已经伏诛。”
李渊吓得战战兢兢，然后向刚刚赶到的裴寂和刘文静问计道：“不料今日竟然会出现这种事情，两位爱卿认为应当怎么办呢？”
刘文静道：“李建成与李元吉原本就没有参加举义兵反抗隋朝的策划，在征战天下之时，又屡战屡败。没有立下寸功。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋，企图夺取大唐政权。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们……秦王战功赫赫，名震天下。陛下如果能够立他为太子，将国家大事委托于秦王，就不会再生事端了。”
李渊苦笑道：“如今我大唐已是如此垂危，就算世民当了太子，又能有多大作用？”
程知节这时“锵”的一声拔出佩刀道：“我们只愿意效忠秦王，而不是其他人。如果陛下不立秦王为太子，恐怕三军将士都会不服！”
李渊无奈，在刀剑威胁之下，只好说道：“好吧！那朕便立世民为太子便是！”
而这时，宿卫军和秦王府的兵马，以及跟东宫、齐王府的家将交战还没有完全结束。于是，程知节请求李渊颁布亲笔敕令，命令城内还未归降的各军一律接受秦王的处置。李渊不得不接受了他的建议。
刘文静便从东上阁门出来宣布敕令，还在抵抗的东宫人马及齐王府家将便都投降了。李渊又让裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被李世民残忍杀害，他还在宗室的名册上删除了他们的名字。